根据泵的输送介质，将公用工程使用的普通水泵、热水泵、凝水泵及废水处理系统的泵和原料药制备用泵与输送药液、中间体、纯水、酸碱等工艺介质的泵区分开来。前者可按一般化工装置用泵处理，但对轴封要求适当提高，以满足医药装置对环境的高要求。输送药液、中间体、纯水、酸碱等工艺介质的泵应选择符合gmp要求的化工流程泵或卫生泵。按制药过程分，原料药制备过程中结晶（精烘包）阶段的泵可按一般化工流程泵的选用原则选取，此时的泵应根据工艺要求满足gmp的要求；原料药结晶（精烘包）制成品阶段和制剂过程需要选用符合gmp要求的泵或卫级泵。按车间布置分，具有洁净度要求的厂区需要选用符合gmp要求的泵或卫生泵，其他区域按照一般化工流程泵或公用工程用泵选取。本节主要介绍医药工业中具有特殊结构的卫生泵的选用原则。
卫生泵的选型需要考虑四个方面：工艺要求、物性、操作条件、造价。工艺方面除了考虑满足工艺的操作工况外，还要考虑卫生管道设计，一般选用管道等级为“schedule 5，i车接方式为直接与泵焊在一起或采用卡箍连接，便于拆卸清洗。卫生泵同样要考虑输送物料的压力、温度、黏度、汽蚀压力等物料特性的影响。输送高酸性或腐蚀性介质或需要清洗环境，需要用超低碳不锈钢材料（如316l）。操作要求要考虑泵的安装位置和周围环境，操作
周期、清洁方式（手动还是cip）、清洗的频度（每年清洗几次），控制要求（手动还是自动）以及转速要求等。对于洁净厂房要求或无菌制剂要求的泵，还需要考虑泵的防护要求。泵为便于清洗可以采用两台并联等方式，采用底脚支撑带橡胶垫等。泵基座应易清洗，并不存在可积聚尘埃碎片的棱角、裂缝、缺口。造价要考虑材料及清洗要求，防腐蚀要求，表面光洁度要求，快开要求，结构简单要求，材料要足够坚固耐用。另外维修和操作的费用也应在考虑之列。
一般对于黏度>500cp或有颗粒或有较强的流体剪切力或高压低流量或需要计量低流量的条件，一般都选用容积式卫生泵。上述条件都不符合的则选用卫生级离心泵。