以脱盐为主要目的的膜系统工艺设计中，存在着典型与非典型两类工艺设计问题。典型工艺设计针对较为普遍的设计依据参数及较为普遍的系统结构，系统设计内容主要包括:膜元件与膜容器的品种、规格、数量及排列方式的选择，加压泵的品种、规格及数量的选择，以及系统回收率参数等典型问题。膜系统非典型设计针对较为特殊的设计依据及较为特殊的系统结构，系统设计内容主要包括:浓水回流、淡水背压、段间加压、品种配置、规格配置、分质供水、半级系统、无级间泵两级系统等特殊工艺及其运行参数。膜系统不同工艺间既存在形式上的差异，也存在特定功能上的重叠，在系统工艺设计时存在工艺的取舍及功能的配合问题。
反渗透膜工艺也可以划分为淡水与浓水两大类工艺问题。淡水工艺问题主要涉及给水温度、给水压力、平均通量、渗透压力、通量均衡、性能衰减等系统参数对产出淡水流量及系统脱盐率的影响;浓水工艺问题主要涉及难溶盐含量、给/浓水ph（ph仪表）值、浓差极化度等系统参数对系统回收率的影响。由于膜系统内部各工艺成并联关系，各工艺参数间呈现出更为复杂的相互联系。